И так, мы начинаем с первой серии шипудена! Вначале сюжет будет развиваться так же, как и в аниме: Наруто, только что вернувшийся в Коноху,  пытается найти Саске, Акацуки охотятся за хвостатыми, в общем, жизнь идёт своим чередом.  Вот только вскоре выясняется, что Акацуки не единственная организация. Существует ещё одна, куда более опасная. Её название, так же как и её цели, неизвестны. Задача наших героев: узнать, что это за секретная организация и какие у неё планы!

Примечание: Так как это лишь начало шипудена, то и Итачи, и Сасори, и Джирая, в общем, все живы. Но так же здесь присутствуют Тоби( пока никто не знает что он Мадара), Би и т.д.